Spring naar inhoud


Door dr Carol Beuchat
Met toestemming overgenomen en vertaald van de website van het ICB
Sinds er de afgelopen jaren testen voor specifieke mutaties beschikbaar zijn gekomen, is het mantra van fokkers dat hun puppy’s uit “op gezondheid geteste” ouders komen. Fokken zonder eerst de beschikbare DNA testen te hebben gedaan wordt in hun denkbeeld als hoogst onverantwoordelijk beschouwd. Maar er is een goede manier om DNA test resultaten te gebruiken, maar ook een foute.
Als je dit leest, zul je waarschijnlijk jezelf als een verantwoorde fokker beschouwen. Laten we wat virtuele honden fokken, waarbij we wat informatie van DNA testen gebruiken en zien hoe je het doet! Alles wat je nodig hebt, is een pen en papier, samen met je ervaring als verantwoord fokker.
Oké, we hebben een teef die we willen laten dekken en we hebben 7 mogelijke reuen geselecteerd (S1 t/m S7). We rangschikken deze op volgorde van wat wij het beste vinden passen voor een reu in termen van structuur, temperament, gezondheid, levensduur, werkkwaliteiten, of welk criterium dan ook maar belangrijk is voor jou. We hebben drie groene sterren gegeven aan de honden die we het hoogst plaatsen en één groene ster voor de honden die we het laagst plaatsen. We zijn echter bereid elk van hen te gebruiken. Neem aan dat we de relevante fenotype testen hebben gedaan (dat is heupen, ellebogen, ogen, hart, etc.) en de resultaten voor deze allemaal acceptabel waren.
Het eerste wat we moeten doen, zijn de beschikbare DNA testen voor recessieve mutaties die bekend zijn binnen ons ras. In dit geval is er één, voor de “rode cirkel” eigenschap. Onze teef is draagster, net als twee van de reuen. De dragers heb ik gemarkeerd met een rode X op de kaart en de honden die vrij zijn hebben blauwe vinkjes.
Nu hebben we onze op gezondheid geteste honden uit welke we de perfecte reu gaan selecteren voor onze teef. Rangschik de reuen, gebruik makend van onze sortering op algehele kwaliteit, samen met je informatie van de gezondheidstesten, waarbij 1 je favoriete keus is en 7 je laatste keus.
Maak op je papier kolommen voor S1 t/m S7 en in de eerste rij daaronder schrijf je de klassering voor elk van je potentiële reuen.
Laten we zeggen dat je nog iets meer moeite hebt gedaan voor je je beslissing maakt en je in staat was om de verwachte gemiddelde inteelt coëfficiënt te bepalen voor de nesten die zouden voortkomen uit de paring van jouw teef met elk van de zeven reuen. (Je kunt deze informatie halen uit de Verwantschapscoëfficient, welke een index is van de verwantschap van een paar honden en die bepaald kan worden op basis van zowel stamboom als DNA informatie. De Verwantschapscoëfficiënt van een koppel honden is gelijk aan de inteelt coëfficiënt van hun potentiële  nakomelingen).
Laten we de voorspelde inteelt coëfficiënt voor de nesten aan onze tabel toevoegen. Rangschik de honden, nu ook rekening houdend met deze informatie, opnieuw van 1 tot 7 en zet deze data in de volgende rij van je tabel. Heeft dit je eerste rangschikking veranderd?
Dit is meestal alle informatie die een fokker heeft over de honden die hij wil gebruiken voor zijn fok.
Je hebt de potentiële ouderdieren laten testen op de “rode cirkel”mutatie en ontdekt dat twee reuen drager zijn. Voor beide geldt, dat er een risico is van 25% dat ze puppy’s voortbrengen die homozygoot zijn voor de rode cirkel mutatie. Je kiest er waarschijnlijk voor om deze twee reuen te schrappen van je lijstje kandidaten, wat het risico van aangedane puppy’s in dit nest verlaagt van 25% naar 0%.
Je fokt met je hoogst geklasseerde reu en je teef krijgt een prachtig nest met puppy’s. Je adverteert je puppy’s dat ze uit geteste ouders komen, houdt een leuke puppy  voor je eigen fokprogramma en de rest gaat weg als huishond. Enige tijd later neemt één van de eigenaren contact met je op met de mededeling dat hun puppy een serieuze erfelijke bloed afwijking heeft en ze vragen hoe dit kan, aangezien jij beweerde dat de puppy’s uit op gezondheid geteste ouders komen.
Inderdaad. Hoe kan dit?
We weten alleen wat we kunnen weten. We kunnen weten of de hond een mutatie heeft als we daarvoor een test hebben. We testen zodat we wisten wat de status was voor de rode cirkel mutatie in al onze mogelijke ouderdieren.
Maar de meeste honden hebben vele recessieve mutaties sluimeren in hun genoom waar geen DNA test voor is en waarvan we met geen mogelijkheid kunnen weten, zolang ze niet tot uiting komen. Het is duidelijk dat er een mutatie in je ouderdieren aanwezig was waarvan je geen weet had. Je voelt je verschrikkelijk, biedt een andere puppy aan en duikt in stambomen  om uit te vinden hoe het kan dat je een puppy gefokt hebt met een genetische aandoening nadat je zo zorgvuldig bent geweest.
Als er geen DNA test is voor een recessieve mutatie, kan een ziekte plotseling opduiken welke je nog nooit in je lijnen  hebt gezien, doordat je per ongeluk twee dragers hebt gepaard. Dit is waarom, dat als iemand claimt dat ze alleen binnen hun eigen kennel fokken omdat ze “weten wat er in hun lijnen zit”, je weet dat ze óf genetica niet begrijpen, óf ze oneerlijk zijn. Het is niet mogelijk om te weten wat de recessieve mutaties in je lijn zijn als er geen manier is om ze te detecteren.
Dit brengt je in een lastig parket. Alle honden hebben recessieve mutaties en er zullen er altijd een paar zijn waar je geen weet van hebt. Hoe vermijd je die?  Dit is als op je tenen een mijnenveld oversteken, waar er drie mijnen zijn die je niet kunt zien maar gemarkeerd zijn met een vlag, maar je weet dat er nog 28 verstopt liggen. Eén verkeerde stap en je zult je schepper ontmoeten. Als dit mutaties zijn, verborgen in je honden, is dit een aardig hectische manier van fokken.
Laten we dit verstandig aanpakken. Wat als er twee mijnenvelden zijn en je kunt kiezen welke je wilt oversteken. Het eerste mijnenveld heeft 3 mijnen waar je weet van hebt en kunt vermijden en 28 verstopte mijnen. Het tweede mijnenveld heeft ook 3 gemarkeerde mijnen, maar slecht 6 verstopte. Als je nog niet klaar bent voor een leven na de dood, zou je logischerwijs kiezen om het tweede mijnenveld over te steken, waar het risico om opgeblazen te worden slechts 25% is van het risico van het oversteken van het andere veld.
Hoe past dit in honden fokken? Laten we eens het gordijn optrekken en de mutaties die we niet konden zien,onthullen voor de honden in ons fokprogramma.
​Nu zien we het probleem. Onze teef heeft niet één maar drie mutaties die ook aanwezig zijn in onze “geteste” reuen. Kijk nog eens naar je laatste rangschikking van de reuen. Nu je de andere mutaties ziet, ben je dan nog steeds blij met deze rangschikking? Als je de rangschikking wilt veranderen, voeg dan nog een rij toe aan je tabel met deze nieuwe beoordeling.
Geweldig, zeg je. Maar in de echte wereld, als we geen testen hebben voor deze onbekende mutaties, is er geen enkele manier om ze te vermijden, toch?
In feite is die er. Je hebt slechts één stuk informatie nodig die je in feite al hebt- de voorspelde inteelt coëfficiënt van het nest.
Herinner je dat inteelt is gedefinieerd als de waarschijnlijkheid van het erven van twee kopieën van het zelfde allel van een voorouder. Inteelt is per definitie homozygotie. Als de inteelt coëfficiënt van een hond 25% is, dan is de waarschijnlijkheid dat er twee kopieën van het zelfde allel van een voorouder geërfd wordt, 25%. Als dat allel een recessieve mutatie is, dan is het risico dat je een genetische aandoening fokt door die recessieve mutatie ook 25%. Gelijk daaraan, als de inteelt coëfficiënt 10% is, dan is het risico op een genetische aandoening door een recessieve mutatie ook 10%.
Denk hierover eens na. Je deed de mutatie test om 25% risico te elimineren op het fokken van een recessieve genetische aandoening uit twee dragers. Maar we legden net uit dat de inteelt coëfficiënt ons het risico vertelt van het fokken van een genetische aandoening van ELKE recessieve mutatie, degene waar we van weten en degene die we niet kennen.
Dus we kunnen slim zijn wat dit betreft. We kunnen het risico van alle recessieve mutaties beheersen door beheersing van de inteelt coëfficiënt van het nest. Als we testen voor de rode cirkel en dragers elimineren, zou het dom zijn om dan reu #6 te gebruiken. We hebben betaald om 25% op een bekende mutatie te elimineren, doe dan geen paring met een 29% risico op een genetische aandoening door een andere mutatie die we niet kennen.
Laten we dit opnieuw lezen.
We hebben getest, de dragers geëlimineerd zodat er geen kans was om puppy’s te fokken met de bekende mutatie, dan een “vrije” hond gebruikt met een risico van 29% op puppy’s met een aandoening door een andere mutatie die we niet kennen.
Je mag dan met “op gezondheid geteste” honden fokken, maar je fokt nog steeds puppy’s met een significant risico op genetische aandoeningen door recessieve mutaties..
Ga terug naar wat we weten over de inteelt coëfficiënt. Als ons nest een voorspelde IC heeft van 10%, dan is het risico op ELKE mutatie die een probleem veroorzaakt slechts 10%, inclusief degene waarvoor we betaald hebben om te testen. Dit is omdat de ouders met een verwantschapscoëfficiënt van 10% genetisch minder gelijk zijn dan ouders met een verwantschapscoëfficiënt van 25%. Als de ouders minder gemeenschappelijke genen hebben, is er een lagere kans dat een puppy er twee krijgt van dezelfde mutatie van beide ouderdieren.
Het is dus simpel. Verlaag het risico op genetische aandoeningen bij je puppy’s door het verlagen van de verwachte inteelt coëfficiënt van je nest.
Als je hierover nog nooit eerder hebt nagedacht, zou dit het moment moeten zijn dat er een lampje gaat branden bij je. Al deze “gezondheidstesten” zijn een verspilling van tijd en geld als we partners kiezen die een nest opleveren met een inteelt niveau van 38%.
Dit is de VERKEERDE MANIER waarop we DNA testen gebruiken. De Fokker gelooft dat hij er alles aan doet wat mogelijk is om gezonde puppy’s te fokken die lang en gezond leven. Maar in feite markeren ze de bekende landmijnen met vlaggen, nemen dan aan dat de kust veilig is, zonder het risico te overwegen van alle verstopte explosieven.
Om gezonde puppy’s te fokken, moeten we het risico op ALLE recessieve mutaties zo lag als mogelijk houden, zowel die waarvan we weet hebben als die we niet kennen. Je kunt het risico inschatten op basis van de verwantschapscoëfficiënten. Deze getallen kunnen berekend worden met een stamboom database, of (zelfs nog beter) ze kunnen bepaald worden uit genotype data uit DNA.
Verspil je geld niet aan DNA tests om vervolgens op een manier te fokken die een hoog risico met zich mee brengt op het voortbrengen van een ziekte. Gebruik deze testen om alle risico te elimineren waarvoor we kunnen testen, gebruik vervolgens de verwantschapscoëfficiënten om zeker te zijn dat we het risico op onbekende mutaties, verstopt in het genoom van elke hond,  zo klein als mogelijk hebben gemaakt.

Via EDX wordt er door Wageningen University & Research MOOCs aangeboden op het gebied van het fokken van dieren. Vandaag start  Genetic Models for Animal Breeders  De cursus die voorheen werd aangeboden onder de naam Animal Breeding and Genetics. 5 Februari komt er een nieuw ontwikkeld vervolg bij: Evaluating Animal Breeding Programmes.
Er is een gezellig groepje mensen aan de eerste cursus begonnen, ondersteund met materiaal in het Nederlands en de hulp van elkaar, m.n. via de Briard Studiegroep op facebook.


Door Carol Beuchat PhD

Met toestemming overgenomen en vertaald van de website van het ICB 
Er zijn misschien duizenden honden van jouw ras, maar degenen die gebruikt worden voor de fok en hun genen doorgeven aan de volgende generatie zijn de enige die er echt toe doen in termen van genetica.
In de meeste rassen, wordt slecht 20-30% van de honden die gefokt worden, gebruikt voor verdere fok. De rest wordt verkocht als huishond, meestal met een contract dat er niet met de hond gefokt mag worden of niet geregistreerd mag worden. Deze honden voegen zich bij de gecastreerde en gesteriliseerde honden (noot red. dit betreft de situatie in de VS. In Nederland krijgt een nog veel kleiner percentage van de gefokte pups zelf nakomelingen, ondanks dat hier pups meestal zonder restricties in het contract verkocht worden en alle pups in principe geregistreerd worden bij de Raad van Beheer). Dit betekent dat het aantal honden die zelf weer voor nageslacht zorgt in een ras, veel kleiner is dan  het totaal aantal honden in een ras. Dit heeft significante gevolgen voor de genetica van een ras. ​

Laten we een simulatie doen!
Er bestaan enkele vermakelijke tools die we kunnen gebruiken om de effecten van veranderingen in een populatie op de genetica te onderzoeken. Dit is er één die we gebruiken in mijn populatie genetica cursussen om studenten te helpen begrijpen hoe genetica beïnvloed kan worden door veranderingen in allerlei kenmerken van een populatie, zoals de grootte van de populatie of het toevoegen van nieuwe individuen.
Eén van deze is een online populatie simulator, genaamd Red Lynx. Het is eenvoudig te gebruiken en als je toegang hebt tot internet kun je het gebruiken om een proef te doen.
Ga naar de Red Lynx website op ​http://scit.us/redlynx/.
Klik daar op de knop om de Red Lynx simulator te starten.

Hiermee kom je bij de simulator en je zou het onderstaande scherm moeten zien.
Red Lynx simuleert het "gedrag" van een enkel allel, A1, in populaties met verschillende eigenschappen. Er zijn twee allelen voor elke locus, dus in feite is A1 een setje (laten we die ander A2 noemen). Maar we hoeven alleen maar één allel na te bootsen, aangezien als de frequentie van allel A1 in een populatie omhoog gaat, de frequentie voor A2 omlaag moet gaan. Als we het gedrag van A1 uitbeelden, weten we dat A2 in spiegelbeeld zal reageren. Dus we doen onze simulatie met slechts één allel op een locus.
Op de simulatie pagina, krijg je een grafiek te zien en daaronder een serie parameters die je kunt veranderen met simpele schuifbalken. We gaan alleen met de eerste drie spelen: het aantal generaties, de populatiegrootte en de oorspronkelijke allel frequenties (groene pijlen). Je kunt deze veranderen door ofwel de schuifbalk te gebruiken of het getal dat je wilt in het vak in te typen. De rest van de schuifbalken kun je negeren.

Ok. Laten we eens kijken wat dit doet. Laten we starten met de standaardinstellingen zoals ze er staan als je voor het eerst op de pagina komt, dat zijn 2000 generaties, een populatiegrootte van 800 en een aanvankelijke frequentie van A1 van 50% (dus we weten dat de frequentie van A2 ook 50% is). Klik op "Run Simulation" (rode pijl). Er verschijnt een lijn op de grafiek.
​Deze lijn is het voorspelde gedrag van het allel A1 in deze populatie door de jaren heen, er van uitgaande dat de kans van overerving van het allel van de ene op de andere generatie onder “ideale” condities 50/50 is – dus geen selectie, geen migraties van A1 allelen uit de populatie en geen mutatie. Je ziet dat de oorspronkelijke frequentie 50% is en vandaar uit verandert de frequentie in de populatie met elke generatie.
Nu doen we, zonder de grafiek op te schonen, nog enkele simulaties. Elk van deze lijnen zal anders zijn, vanwege de rol van toeval in vererving bij elke generatie. Als je er genoeg van deze doet, zie je misschien één van de lijnen helemaal naar 0% gaat en daar een vlakke lijn vormt (rode pijl), of naar 100% en daar blijft (groene lijn). In het eerste geval, zijn alle kopieën van het A1 allel uit de populatie verdwenen; voor de groene pijl, is het alternatieve allel (A2)  complete verloren gegaan en is alleen A1 overgebleven, een situatie die we “vastgelegd”  ("fixed") voor dat allel noemen.
nou en?
Ik hoor je zeggen “Dat is cool, maar nou en ?”
Laten we zeggen dat het A1 allel was voor iets zoals de mogelijkheid om een bepaalde geur te ruiken. Het is niet iets waar je op zou selecteren, deze simulatie laat zien dat er een kans is dat het allel alleen door toeval uit de populatie verdwijnt, een fenomeen dat “genetische drift” heet. Misschien was deze geur niet belangrijk voor jou, maar als dit wel zo is voor de hond (b.v. een feromoon), zal dit consequenties hebben die sommige fysiologische of gedrags aspecten zou kunnen beïnvloeden. Misschien is het een allel dat preventief werkt tegen angstgedrag; verlies hiervan in een ras zou absoluut gevolgen hebben voor het welzijn van de hond. Of misschien is het een allel op een locus die het meest voordelig is wanneer deze heterozygoot is – dat is, het genotype A1A2 heeft meer voordeel voor de hond dan A1A1 of A2A2, iets wat “over-dominantie” wordt genoemd. Als één van de allelen onomkeerbaar verdwenen is uit de populatie, zullen alle individuen homozygoot zijn voor dat allel en de voordelige effecten van heterozygotie is niet meer beschikbaar.
Zo laten we ons nu bezig houden met de leuke dingen.
Laten we het aantal generaties in de simulatie op 100 zetten, zodat het meer relevant is voor honden fokken. Verander de populatiegrootte naar 50 en laat de allel frequentie op 50% staan. Gebruik de knop om de grafiek schoon te maken en doe enkele simulaties.
Je zou moeten zien dat de frequentie van A1 in veel van de simulaties naar één van de extremen gaat (0% or 100%)
Doe nu wat simulaties met verschillende populatiegroottes, misschien 100 en 25. Wat voor effect heeft dit op de grafiek?
Deze simulator maakt het gemakkelijk om de effecten van populatiegrootte op het gedrag van allelen in de populatie die je geen enkele aandacht geeft (omdat er niet geselecteerd wordt) te onderzoeken. Duidelijk is dat  de genetische stabiliteit van een populatie gevoelig is voor het aantal individuen.
Waarom is dit van belang voor jouw ras?
Hoe groot is jouw ras? Welk deel van de puppy’s die worden geboren worden gebruikt voor de fok? Onthoud dat alleen reproducerende dieren tellen, wanneer we het over genetica hebben. Wat zijn de effecten van fokcontracten of castreer/steriliseer politiek op de populatiegenetica van jouw ras? Hoe stabiel is het genetisch gezien t.a.v. de kans op het verliezen van allelen door genetische drift?
Deze veranderingen in allel frequenties komen in elke populatie voor. Als een populatie is opgedeeld door gesloten sub-populaties, zal hetzelfde fenomeen zich in elk van hen voordoen. Dit veroorzaakt dat ze genetisch gezien door de jaren heen uit elkaar drijven. Fokkers kunnen hun voordeel halen uit deze verschillen met outcross (red. hier gebruikt als minder verwant fokken binnen hetzelfde ras) welke allelen kan herstellen die misschien sterk gereduceerd zijn in frequentie of compleet verloren zijn. Je kunt dit simuleren met de schuifbalk voor "migration". Als fokkers samen kunnen werken om op deze sub-populaties te letten, kunnen ze het verlies van genetische diversiteit verminderen, de toename van inteelt vertragen en voordeel halen uit de hybrid vigor door de outcross. Analoog hieraan, is de populatie van je ras stabiel, of is het er één van de vele met dalende registraties en minder actieve fokkers dan eerst?
het eenvoudigste wat je kunt doen om de kans te verkleinen op verlies van belangrijke genetische diversiteit in je ras is door het gebruik van meer honden in het fokprogramma. Als het gebruikelijke aandeel 20% is, verhoog het naar 40% of meer. Verkoop niet zoveel pups met contracten die fok verbieden, of fok eenmalig voor castratie of sterilisatie.  Hoeveel verschil zal het maken? Je kunt het controleren met gebruik van de Red Lynx simulator. Onthoud dat de simulator uitgaat van een populatie zonder selectie, geen migratie, en geen mutatie (tenzij je de condities daarvoor regelt met behulp van de schuifknoppen). Zeker een raszuivere populatie zal onder selectie staan voor eigenschappen voor type, maar je kunt aannemen dat er geen selectie is voor de “neutrale” allelen die geen effect hebben op type.
Deze simulator kan ook van praktisch nut zijn. Laten we zeggen dat er binnen jouw ras een discussie is over het opdelen van verschillende kleuren in het ras in verschillende populaties die niet gekruist mogen worden. Of misschien zijn het verschillende schofthoogtes of een fenotypische eigenschap. Als de groepen niet gekruist mogen worden, wat zijn dan de gevolgen voor de genetische stabiliteit van de resulterende kleinere populaties? Er zijn vele voorbeelden van rassen die in het verleden opgesplitst zijn - Norwich and Norfolk werden gescheiden op basis van oren, Toy en Standaard Manchester werden gescheiden op basis van schofthoogte (red.: situatie VS), de Belgische herdershonden zijn in de Vs gescheiden op basis van kleur (maar niet in Europa). Een ras opsplitsen heeft gevolgen voor de genetica van de gescheiden populaties, zoals je hier  aan de effecten van genetische drift op gen frequenties kunt zien. Er zullen daarbij ook veranderingen in andere genetische eigenschappen van de populaties optreden, zoals de mate van inteelt en fokkers zouden dit zorgvuldig moeten overwegen voordat ze veranderingen doorvoeren in het ras.

Door dr. Carol Beuchat
Met toestemming overgenomen en vertaald van de website van het  Institute of Canine Biology
In een vorig bericht, liet ik zien hoe inteelt en strenge selectie de kans op genetische aandoeningen vergroot (door toegenomen expressie van schadelijke mutaties en afname van de algehele gezondheid (door inteelt depressie). Ik heb ook uitgelegd hoe we de gezondheid kunnen verbeteren en het risico op genetische aandoeningen kunnen verkleinen door enkele eenvoudige veranderingen in de manier waarop we fokken. Ik heb aan de hand van een simpel stroomdiagram laten zien hoe waarom dit gebeurt.
(Als je mijn vorige bericht niet hebt gelezen, zou je dat eerst moeten doen en dan hier verder lezen: Eenvoudige strategieën om genetische aandoeningen bij honden te verminderen)
Er zijn meerdere consequenties van inteelt die misschien minder bekend zijn bij hondenfokkers maar die uiteindelijk belangrijk kunnen zijn omdat ze ook invloed hebben op de cyclus van “inteelt ---> genetische aandoening”.
Hieronder de illustratie uit mijn vorige bericht, waaraan ik nog een circuit heb toegevoegd (in groen). (ik heb het circuit aan de linkerkant over gezondheidsconsequenties vervangen door één term "gezondheid"-“health”-)
We beginnen wederom met inteelt van een populatie honden. Het paren van verwante honden geeft inteelt, waarbij een puppy identieke kopieën van een allel krijgt van beide ouders, een toename van het gedeelte van de genen dat homozygoot is. Tot hier volgen we dezelfde stappen zoals we eerder bespraken.
De homozygotie de we hebben gecreëerd door inteelt,  kan verdeeld zijn over de chromosomen, of het kan ik blokken van aangrenzende genen voorkomen.
Blokken van homozygotie op de chromosomen noemen we "runs of homozygosity" (ROH), en die hebben twee belangrijke eigenschappen.
a) de blokken homozygote allelen  hebben de neiging langer en langer te worden met inteelt.
b) afwijking van het koppelingsevenwicht (linkage disequilibrium) neemt toe met inteelt.
Hoe definiëren we "linkage disequilibrium". We denken bij overerving meestal aan één van de twee allelen op een loci die wordt doorgegeven aan een nakomeling door willekeurig toeval. Dit is een simpele en bruikbare manier om te denken over vererving, maar in werkelijkheid kan het veel gecompliceerder zijn. In feite, de gebieden van homozygote loci die runs of homozygotie vormen hebben de neiging gezamenlijk, als een blok over te erven. Deze onwillekeurige overerving op aangrenzende loci in een run of homozygotie wordt “afwijking van koppelingsevenwicht ("linkage disequilibrium") genoemd.
Dus, volg verder met gebruik van onderstaande kaart:

​1) inteelt creëert homozygotie
2) "runs" of homozygosity (ROH) nemen toe
3) linkage disequilibrium neemt toe
4) schadelijke mutaties komen vast te zitten in blokken van homozygotie
In stap 4, waarom komen schadelijke mutaties vast te zitten in blokken van homozygotie? Inteelt verwijdert genetische variatie. Om “weg” te fokken van een schadelijk allel, moet het alternatieve (d.i. het normale) allel  deze vervangen. Als er is ingeteeld om homozygotie voor genen of type te laten toenemen en selectie heeft plaats gevonden om genetische variatie te verminderen, kan het normale allel zeldzaam zijn geworden. Homozygotie van een mutatie in ROH’s zal toenemen. Nu wordt het moeilijk of onmogelijk om de mutatie te verwijderen of zelfs te vermijden en met de tijd neemt het aantal mutaties die “gevangen zitten” toe.
5) de inklemming van mutaties vergroot de “genetische belasting” ("genetic load"), het aantal schadelijke allelen in de genenpool
6) de expressie van recessieve aandoeningen neemt toe
Dit pad gaat nu samen met het pad dat we eerder bespraken.
​Je ziet dat de fokker nu gevangen zit. We proberen type te verbeteren en genetische aandoeningen te verminderen, maar op hetzelfde moment verliezen we genetische variatie die nodig is voor verbetering. We maken het ook steeds moeilijker, zo niet onmogelijk om weg te fokken van genetische problemen vanwege linkage disequilibrium. Natuurlijk, blijven we streng selecteren op type, die ons verzekert dat de blokken die die genen bevatten homozygoot blijven. De mutaties in deze blokken zitten er voor altijd in vast.
Nu wordt dit pad meegenomen in het grotere stroomschema, waar we aangedane honden of gehele lijnen hebben verwijderd, in een poging om genen die problemen veroorzaken kwijt te raken. Maar dit verkleint de genenpool en gooit waardevolle genetische variatie weg.
​En zo gaat het verder, keer op keer, waarbij de kwaliteit van de genenpool met elke volgende generatie verslechtert.
Dit is een echt probleem als je fokker bent. Want dit alles betekent dat hoe meer inspanning je levert om gezondheid te verbeteren met de gebruikelijke strategieën van inteelt en selectie, hoe groter het probleem wordt. Dit is waar we nu staan.
Hoe kunnen we dit oplossen?
Als we een zwaar ingeteelde hond paren met één die niet nauw verwant is, kunnen we homozygotie (inteelt) verminderen bij de puppy’s. Minder inteelt betekent kleinere blokken homozygotie, dus linkage disequilibrium is verminderd. Mutaties en andere ongewenste genen die vast zitten in runs of homozygotie zijn nu “vrij” en kun je daar weg van fokken. Er is ook nieuwe variatie die je zou kunnen gebruiken om fenotype te verbeten, dus selectie zal effectiever zijn.
Bedenk dat de meest waardevolle honden voor een outcross (red.: hier bedoeld als minder verwant binnen een ras) waarschijnlijk niet die zijn die je zou hebben gekozen op basis van fenotype. De honden met goed type waartoe je je aangetrokken voelt, hebben waarschijnlijk allemaal dezelfde ROH waarmee je al worstelt en er zal maar weinig winst zijn. Paradoxaal, hebben de honden met meer fenotypische variatie, met name als de variatie ver weg is van de extremen in type, het meest te bieden in termen van het ontsnappen van de neerwaartse spiraal zoals hierboven beschreven. Je zult waarschijnlijk geen adembenemende puppy’s krijgen uit een fok van honden van matig type, maar je ontsnapt uit de cyclus die je fokprogramma in een wurggreep houdt en die rashonden op de rand van de afgrond brengt.
Ik hoor al een hoop mensen klagen dat outcross nieuwe mutaties in je lijn brengt. Ja, dat kan. Je hebt waarschijnlijk kennis van de dominante mutaties in de honden waarmee je wilt fokken, dus de nieuwe nieuwe mutaties zijn meest waarschijnlijk recessief. Kijk eens opnieuw naar het stroomschema en je ziet dat deze recessieve mutaties compleet onschuldig zijn zolang je niet twee honden paart die dezelfde mutatie hebben. En als je inteelt laag houdt, kun je deze mutaties elimineren door selectie omdat ze niet gevangen zitten in ROH’s. Wees bovendien terughoudend met het gebruik van populaire dekreuen; het laatste wat je wil, is tientallen puppy’s op de wereld zetten die elk de helft van de mutaties dragen van die favoriete hond. Onthoud, inteelt is de oorzaak van het probleem waar we nu mee te maken hebben. De oplossing is simpel: zet geen twee kopieën van dezelfde mutatie samen in een puppy.
Je kunt dit probleem oplossen. Je kunt gezondheidsproblemen elimineren in één generatie. Je kunt selectie effectiever gebruiken. Je kunt de variatie toevoegen die nodig is om betere honden te fokken dan je nu hebt. De honden worden ouder. Dierenartsrekeningen zullen minder worden. Fokken wordt eenvoudiger. Nestgrootte neemt toe. De gezondheid en welzijn van honden zal verbeteren.
Het geheim van het verbeteren van de gezondheid van honden ligt niet in nog meer DNA testen, maar in gedegen genetisch management. We weten wat de grote belasting met genetische aandoeningen bij honden veroorzaakt en we weten hoe we dit kunnen voorkomen. Het proberen om problemen te elimineren door vervelende mutaties achterna te hollen, haalt ons niet uit deze negatieve spiraal die het probleem veroorzaakt. Steeds meer selectie toepassen bij het fokken zal eveneens niet helpen. Deze maken de problemen alleen erger.
De oplossing is genetisch beheer. Begrijp hoe de problemen ontstaan zijn. Begrijp het belang van genetische variatie en lagere inteelt om gezondheid te verbeteren. En fok op een manier die zorgt voor een duurzame toekomst.
Als je iets nuttigs hebt geleerd van dit artikel, er is veel meer informatie die de gezondheid van honden en je fokprogramma succesvoller kan maken. De beste manier om je kennis en begrip te vergroten is door één van de cursussen die worden aangeboden door ICB. Deze cursussen zijn speciaal ontwikkeld voor fokkers en zij zijn echt de beste manier voor fokkers om te leren wat ze moeten weten om de gezondheid en het welzijn van honden te verbeteren


Zo aan het einde van 2018, kijken ook wij terug naar het jaar. We kunnen veel zeggen, maar laten het maar bij wat cijfers van het kleine aantal nestjes dat dit jaar is geboren. Nesten staan in willekeurige volgorde. ΔF staat voor toename inteelt en zoals je ziet is die t.o.v. de gemiddelde inteeltcoëfficiënt van alle nestjes in 2017 toegenomen, maar t.o.v. de gemiddelde inteelt van de gebruikte ouderdieren afgenomen. Het beperkte aantal nestjes, welke een trend is die in geheel Europa te merken is én het gebruik van een beperkt aantal ouderdieren -m.n. te veel gebruik van dezelfde reu(en) - is erg zorgwekkend. Kleine populaties zijn instabiel en staan erg onder invloed van kans en genetische drift.

Door dr. Carol Beuchat.

Met toestemming overgenomen en vertaald vanaf de website van het Institute of Canine Biology

In de laatste decennia is het aantal genetische aandoeningen bij honden in een alarmerende snelheid toegenomen. Dit ondanks de ijverige inspanning van fokkers om gezonde honden te fokken. Waarom gebeurt dit?
Ik heb een basis stroomschema gemaakt om te illustreren hoe fokstrategieën gericht op het verminderen van genetische aandoeningen in een populatie, juist het tegenovergestelde effect hebben. Ik doorloop elke stap in het proces en je kunt dit volgen op de afbeelding van het stroomschema hieronder.
1) Laten we beginnen met een populatie honden in een gesloten genenpool zoals die hieronder in de linker cirkel. Omdat alle honden in de populatie van een klein aantal founders afstamt, zijn ze allemaal verwant. Paren van twee dieren levert waarschijnlijk nakomelingen op die homozygoot zijn voor enkele loci, dus dat ze twee kopieën hebben geërfd van een allel die voortkomt uit een gemeenschappelijke voorouder van beide ouderdieren. In het stroomschema, resulteert de inteelt stap gemiddeld genomen in een toename van homozygotie in het nageslacht.
2) elke hond draagt tientallen of zelfs honderden recessieve mutaties die geen problemen veroorzaken als er slechts een enkele kopie van de mutatie is en het andere allel op de loci normaal is. Maar als twee kopieën van de mutatie zijn geërfd, is er geen kopie van het normale allel, dus homozygotie vergroot de expressie van deze recessieve mutaties.
3) Homozygotie heeft bovendien meer schadelijke effecten op functies, zoals een verminderde vruchtbaarheid, kleinere nesten, hogere puppysterfte, kortere levensverwachting, etc. die we gezamenlijk “inteelt depressie” noemen. Inteelt verhoogt ook de incidentie van polygenetische aandoeningen zoals kanker, epilepsie, immuunsysteem gerelateerde aandoeningen, hart- en nierziekten en meer.
4) Honden met genetische aandoeningen worden meestal uit de fokpopulatie verwijderd.
5) Het verwijderen van honden uit de fokpopulatie verkleint de genenpool.
6) Kleinere genenpools hebben minder genetische diversiteit.
7) Met minder genetische variatie in de populatie, worden de genetische verschillen tussen individuen verkleind en hun gelijkenis en verwantschap vergroot.
8) Het paren van verwante dieren is inteelt, dus wederom resulteert deze stap in een toename van homozygotie.
Vanaf hier, hebben we nu een negatieve spiraal die weer terug gaat naar de bovenkant van de lijst met stappen. En opnieuw, de toegenomen homozygotie vergroot de inteelt depressie, het risico op kanker, epilepsie en andere polygenetische aandoeningen en de expressie van recessieve mutaties. Het resultaat van deze neerwaartse spiraal is de gestage verslechtering van de gezondheid van de populatie, generatie na generatie, tenzij er een geschikte interventie plaats vindt.
Laten we eens kijken naar de cyclus voor de hondenpopulatie in de cirkel rechts op de illustratie.
a) Fokkers zijn erg selectief over welke honden gebruikt worden voor de fok. In het algemeen wordt ongeveer 25% van de stamboom puppy’s uiteindelijk gebruikt voor de fok, dit is gewoonlijk dus niet meer dan 1 of 2 puppy’s per nest.
b) Dit betekent natuurlijk dat 75% van de puppy’s niet wordt gebruikt. Zij en alle unieke genen die zij mogelijk dragen worden daarmee uit de fokpopulatie verwijderd waardoor de grootte van de genenpool verkleind wordt.
c) Kleinere genenpools hebben minder genetische diversiteit.
d) Als er minder genetische diversiteit is, zijn de honden in de populatie genetisch gezien meer gelijk aan elkaar.
e) Het paren van honden die genetisch gelijk zijn, geven homozygotie in de nakomelingen.
f) Homozygotie vergroot de expressie van schadelijke mutaties.
Uiteindelijk voert dit pad in de stappen zoals we die al beschreven hadden die een neerwaartse spiraal vormen die de incidentie van genetische ziekten verhoogt.
Het doel van selectieve fok is om kwaliteitshonden te fokken. De twee fokstrategieën die we net beschreven hebben, het paren van verwante dieren (inteelt) en het paren van “de beste met de beste” resulteren niet in verbetering, behalve op de korte termijn. Op de lange termijn, beperkt het verlies van genetische diversiteit genetische verbetering omdat de populatie de genetische variatie die nodig is voor selectie, heeft verloren. Inteelt depressie en toegenomen incidentie van genetische aandoeningen verlaagt de kwaliteit van de groep fokdieren en verbetering –of alleen het behouden van kwaliteit- wordt steeds moeilijker. Zonder interventie, sterven populaties dieren die op deze wijze gefokt worden, uit.
Als je de downstream consequenties begrijpt van beslissingen in de fok, die zijn weergegeven als de stappen in deze stroomschema’s, kun je deze cyclus van genetische achteruitgang voorkomen. Als voorbeeld, de simpelste actie om te nemen is om minder beperkend te zijn omtrent met welke dieren gefokt wordt. Het fokken met 50% i.p.v. 25% van de gefokte puppy’s beperkt de uitputting van de genenpool. Het paren van honden die minder verwant zijn, verlaagt de kans op genetische aandoeningen bij de puppy’s, evenals inteelt depressie. Het vervangen van genen die in de populatie verloren zijn gegaan door outcross met een andere populatie (dat wil zeggen door een plan van rotatie-kuising) of introductie via een cross-breeding programma zal de genenpool vergroten en de effecten van selectieve fok beperken.
DNA testen zijn niet de heilige graal. Op zich, zullen ze niet resulteren in gezondere honden. Uiteindelijk is het, om de gezondheid van de stamboom honden te vergroten, nodig om de basis van de populatie genetica te begrijpen en een gedegen strategie voor genetisch beheer te volgen. Het probleem oplossen vergt begrip van de reden hoe sommige simpele veranderingen in de manier waarop we fokken, de kwaliteit van de honden die we fokken dramatisch kan verbeteren.


Op verzoek, ook de gemiddelde COI voor 15 generaties van alle Briard nestjes die in Nederland geboren zijn, aan de grafiek toegevoegd. Dit is het aantal generaties zoals weergegeven in de database van worldpedigrees. Helaas is het daar niet mogelijk nog meer generaties te laten berekenen omdat dit te veel van het geheugen van de site vraagt. Ben je benieuwd naar een berekening over alle generaties, kun je ons altijd een berichtje sturen natuurlijk.

 

N.a.v. een grafiek voor de Berner Sennenhond, besloot ik een grafiekje te maken aan de hand van in Nederland geboren nesten Briards en het gemiddelde inteeltpercentage van die nesten per jaar, berekend over 5, 10 en alle generaties. Voor de jaren 70 werden er maar weinig nestjes in Nederland geboren (wat de pieken verklaart), maar daarna zie je een duidelijk beeld van de trend; als je alleen naar 5 of 10 generaties kijkt, ontstaat het beeld dat de inteelt binnen het ras afneemt, maar de lijn die een meer waarheidsgetrouwe COI weergeeft, laat een heel ander beeld zien.

 


Door Carol Beuchat PhD
Met toestemming overgenomen en vertaald vanaf de website van het Institute of Canine Biology
Eén van de problemen met strenge selectie in een gesloten genenpool is dat honden gestaag meer en meer genetisch hetzelfde worden. Hoewel selectieve fok met raszuivere honden als resultaat heeft dat de honden meer consistent worden, heeft het ook de keerzijde dat een ras in een genetisch gesloten circuit vast komt te zitten, waaruit ontsnappen onmogelijk is. Als je de richting van selectie moet wijzigen, bijvoorbeeld richting een andere eigenschap of weg van een genetische aandoening, moet je honden vinden die de genetische diversiteit hebben die nodig is om die selectie in een andere richting mogelijk te kunnen maken. Genetische diversiteit is het basismateriaal voor selectie: zonder kun je niets veranderen.
Hoeveel genetische diversiteit is er in jouw ras? Hoe kun je de honden vinden die de genetische variatie bezitten waar jij naar op zoekt bent?
Er zijn enkele verschillende manieren om te bepalen hoeveel genetische diversiteit er in je ras is, maar laten we kijken naar de manier die verwantschaps coëfficiënten gebruikt, waarover we het eerder hadden (zie deel 1,2 en 3 in deze serie).

Laten we zeggen dat we een populatie dieren hebben die niet nauw verwant is. Als we de genen van elke hond vergelijken met elke andere hond in de populatie, kunnen we elke hond zijn gemiddelde verwantschap berekenen, wat ik in een eerder bericht uitlegde. Omdat we weten dat de honden in onze populatie relatief onverwant zijn, weten we dat de waardes voor de gemiddelde verwantschap laag zullen zijn (ze variëren tussen de 0 en 1). Als we de gemiddelde verwantschap van alle honden in de populatie in een grafiek zetten, krijgen we een grafiek die eruit ziet zoals die hieronder links voor Labrador Retrievers, waarbij alle waardes minder dan ongeveer 0.06 zijn. Aan de andere kant, als we een populatie van nauw verwante honden hebben, zou een grafiek er zoals de laatste rechtsonder, voor Ierse Wolfshonden uit kunnen zien, waarbij de waardes boven de 0,3 liggen. Als je de grafieken voor de andere rassen hieronder bekijkt, zie je dat de distributie voor de gemiddelde verwantschap aanzienlijk varieert.
Wat vertellen deze grafieken ons over genetische diversiteit?
Herinner je dat de gemiddelde verwantschap (mK) de gemiddelde verwantschap van een hond t.o.v. alle anderen in een populatie is. De Labrador Retriever is één van de meest populaire rassen in de wereld, dus hun aantal is groot, en er zijn (sub)populaties; showhonden, jachthonden, huishonden die genetisch allemaal iets van elkaar verschillen en populaties in verschillende landen zullen waarschijnlijk onderling ook verschillen. Dit is een ras met VEEL genetische diversiteit en de gemiddelde verwantschap waardes zijn meestal laag. Maar als je nog een grafiek zou maken met daarin alleen showlijnen, zou de verdeling waarschijnlijk vertekend zijn met hogere waardes omdat deze honden nauwer verwant zijn aan elkaar dan dat ze verwant zijn aan jachtlijnen.
Als je de Labradors met de Ierse Wolfshonden vergelijkt, is de grafiek onevenredig verdeeld met veel hogere waardes. Dit geeft in deze populatie van meer dan 200 honden aan dat de gemiddelde verwantschap erg hoog is. De uitzondering is een paar honden die ver beneden de meerderheid uitkomt en niet nauw verwant is tot het gros van de populatie. Dit geeft aan dat de meeste honden nauw verwant zijn aan elkaar.
Omdat de verwantschaps coëfficiënt is gebaseerd op de genen die hetzelfde zijn omdat ze geërfd zijn van dezelfde voorouders, kunnen we deze grafieken interpreteren in termen van relaties. Als je een neef en nicht paart die verder niet in geteeld zijn, is de voorspelde inteelt coëfficiënt van hun nakomelingen 0.0625 of 6.25% Als we naar de grafiek voor de Labrador Retrievers hierboven kijken, zien we dat de meeste waardes van gemiddelde verwantschap lager zijn dan 0.06. Dus, kunnen we zeggen voor deze populatie dat gemiddeld de Labradors minder verwant zijn dan een neef en nicht.
Je kunt hetzelfde doen voor de grafieken voor de andere rassen, waarbij je deze kaart kunt gebruiken waarbij familierelaties zijn weergegeven in verwantschaps coëfficiënten:
Dus, kijkend naar de grafiek voor de Ierse Wolfshonden (rechts onder), zie je dat de meeste honden een gemiddelde verwantschap hebben van > 0.25; dus, gemiddeld zijn de meeste honden meer verwant aan elkaar dan een volle broer en zus. Stel je een familie reünie voor met een paar tantes, ooms, neven en nichten en 134 van jouw broers en zussen. Dit is een ras met een erg hoge graad van gemiddelde verwantschap t.o.v. elkaar. Hetzelfde geldt voor de Cavalier King Charles Spaniels. In het kleine voorbeeld van de Havanezer waren er 2 clusters honden, één met een relatief hoog niveau van verwantschap t.o.v. elkaar en één met een relatief lage verwantschap.
Er zijn verschillende manieren om genetische diversiteit in je ras te begrijpen. Hier hebben we je laten zien hoe je de verwantschaps coëfficiënt kunt gebruiken om informatie te krijgen over de gemiddelde niveaus van verwantschap in een populatie honden. Dit eens weer een gereedschap die je kunt toevoegen aan je genetische gereedschapskist!

 


Door Carol Beuchat PhD
Met toestemming vertaald en overgenomen van de website van het Institute of Canine Biology
Dit is deel 3 van “leuke trucs met Verwantschaps Coëfficiënten”. Lees ook deel 1: “
Is deze hond echt een outcross?” en deel 2: “Moet ik met deze hond fokken?
Ongeveer 80% van de ziekten die nu bekend zijn bij honden wordt veroorzaakt door een enkelvoudige recessieve mutatie. Door het gebruik van moderne DNA technologie die ons in staat stelt duizenden of miljoenen markers in het genoom van een hond te onderzoeken, kunnen we meestal deze beschadigde allelen vinden en een test ontwikkelen die fokkers helpt bij de screening van hun honden.
Veel aandoeningen zijn echter niet het resultaat van een enkelvoudige mutatie. Bij deze zijn er misschien tientallen of zelfs honderden genen betrokken. Het ontwikkelen van een test die honden zonder symptomen identificeert, maar die wel zieke nakomelingen zal geven, is niet erg waarschijnlijk voor de meeste van deze aandoeningen. Dit is een heel groot probleem voor fokkers, omdat veel van deze ziekten, zoals kanker, epilepsie, auto-immuunziektes ernstig zijn en een steeds groter probleem worden. Doch lijkt het erop dat ze voorkomen bij verwante honden, dus weten we dat genen een belangrijke rol spelen. Hoe kunnen we deze ziekten beheersen als we geen DNA test hebben? We kunnen verwantschaps coëfficiënten gebruiken. Blijf dit volgen.
Verwantschaps coëfficiënten geven informatie over de verwantschap van honden door het beoordelen van paarsgewijze genetische gelijkenis. Een statistische techniek die cluster analyse wordt genoemd kan gebuikt worden om van de verwantschaps gegevens een dendrogram te maken – een genomische stamboom – die honden groepeert die nauw verwant zijn en tevens de relaties tussen die groepen weergeeft. Als een eigenschap of aandoening een genetische component heeft, mogen we verwachten dat de clusters van nauw verwante honden waarschijnlijk meer eigenschappen delen dan onverwante honden aangezien ze veel van de zelfde genen delen.
Dit is een dendrogram die geconstrueerd is met gebruik van verwantschaps coëfficiënten die berekend zijn uit DNA gegevens van 211 Ierse Wolfshonden. De bovenste figuur is de vergroting van de rechterkant zodat je het wat eenvoudiger kunt zien. En de onderste kaart is de gehele dendrogram.
Laten we even de onderste kaart bekijken. Je ziet dat de populatie honden verdeeld is in twee kleinere groepen onder de pijl die gemarkeerd is met “A”. Als we de tak volgen die van punt A naar rechts loopt, komen we een tweede tak tegen bij pijl B die twee subgroepen creëert. Als we de tak van B naar links volgen komen we tak C tegen die wederom de honden opsplitst in twee groepen. Je kunt nu zien dat dit een dendrogram wordt genoemd omdat het een afbeelding is van een structuur die vertakt als een boom.
Dendrograms zijn een beetje lastig om goed te lezen en om er goed in te worden, vergt wat oefening. Je moet onthouden dat takken kunnen roteren rond elk vertakkingspunt. Dus bij voorbeeld, de bovenste tak die zich splitst bij A, kan geroteerd worden op die splitsing zodat de groene groep het meeste links, verplaatst wordt naar de meest rechtse kant naast de turquoise groep. ,
Duidelijk, de groene groep is niet het meest verwant aan de rode groep die er naast stond op het moment dat de groene groep aan de linkerkant van de kaart stond.
Overigens kunnen we de twee groepen aan de meest rechtse kant (bij pijl D) roteren zodat de groene groep nu direct naast de rode groep komt. Dus er zijn eigenlijk verschillende manieren om de clusters te ordenen die niet hun onderlinge relatie wijzigen. Dit komt omdat de verwantschap wordt weergegeven door de lengte van de lijnen die de groepen honden verbinden. Honden die verbonden zijn door erg korte lijnen zijn nauw verwant en honden die verder verwant zijn, zijn verbonden door langere lijnen. Wanneer we groepen rond hun vertakkingspunt draaien, wordt de lengte van de verbindingslijnen niet veranderd, dus de informatie over verwantschap wordt niet veranderd. (lees verder: How to read a dendrogram).
Nu hebben we een afbeelding van de genetische verwantschap tussen alle 211 honden in dit voorbeeld. We hebben ook informatie over welke van deze honden is gediagnosticeerd met epilepsie. Dit wordt weergegeven door drie asterisken (***) aan de bovenkant van de tak voor elke hond. Voor honden zonder asterisk, kan het zijn dat er voor hen geen epilepsie is gerapporteerd of dat er geen informatie is. Dus deze kaart is niet gebruikt worden als representatie van welke honden epilepsie hebben en welke niet. Het vertelt alleen van welke honden een diagnose voor epilepsie is gerapporteerd.
Wat vertelt deze grafiek ons nu? We kunnen zien dat de aangedane honden de neiging hebben om samen te clusteren in familie groepen, wat waarschijnlijk een genetische component van het ziekterisico reflecteert. Jammer genoeg zijn er geen grote groepen waar epilepsie geheel afwezig is. Dit vertelt je dat de genetische predispositie voor epilepsie wijdverspreid is, maar mogelijk niet uniform, in deze populatie honden. Met een goede administratie en het toevoegen van data aan de database, zijn we misschien in staat om een duidelijker beeld te krijgen van de risicopatronen die gebruikt kunnen worden om keuzes te maken in de fok om het aantal ziektegevallen te verminderen.
Er zijn vele rassen die een strijd voeren tegen genetische aandoeningen waarvoor geen DNA test bestaat, of een test die onbetrouwbaar is om die honden te identificeren die de ziekte daadwerkelijk ontwikkelen (b.v. Degeneratieve myelopathie). Voor deze ziekten zouden verwantschaps coëfficiënten erg waardevolle informatie omtrent ziekterisico kunnen geven aan fokkers. Natuurlijk, kan dezelfde techniek zoals hier beschreven gebruikt worden voor ziekten die veroorzaakt worden door enkelvoudige mutaties, als de incidentie van alle genetische aandoeningen in een dendrogram zou staan en up-to-date zou worden gehouden, kunnen fokkers een probleem opmerken voordat het wijdverspreid in het ras raakt en het moeilijk wordt deze te beheersen vanwege de hoge frequentie van dragers.
Eén voorbehoud met betrekking tot verwantschaps coëfficiënten. De cluster analyse gebruikt informatie voor alle honden in een voorbeeld populatie om een boom te creëren die het meest waarschijnlijk hun echte relatie reflecteert. Als er meer honden aan de populatie worden toegevoegd, kan het zijn dat dat ze groepen anders geordend worden omdat de relaties tussen hen veranderd zijn. Dus, om bruikbaar te zijn, moeten gegevens voor verwantschap regelmatig bijgesteld worden en dient accuraat de genetische breedte van de beoogde populatie te representeren. Dit blijft het geval.
We kunnen verwantschaps coëfficiënten zowel vanuit stamboom als DNA databases halen. DNA gegevens hebben wel enig voordeel, omdat deze verschillen in verwantschap tussen nestgenoten onderscheiden, terwijl stamboomgegevens dat niet doen. Aan de andere kant is de stamboom informatie waardevol omdat er geen DNA monsters verzameld hoeven te worden met bijbehorende kosten voor de analyse. Als je niet probeert om nestgenoten te vergelijken kun je je beperken tot één of misschien twee honden in een nest, wat de kosten aanzienlijk zal drukken.
Overdenk de waardevolle informatie die analyse van verwantschaps coëfficiënten voor jouw fokkeuzes zou kunnen geven en hoe genetische aandoeningen in je ras beheerst zouden kunnen worden. Als je een stamboom database hebt of een genotypische analyse van SNPs zou het het echt waard zijn om te doen.

error: Content is protected !!