Spring naar inhoud

In aanvulling op het vorige bericht over de kinship en mean kinship van de Briards die in Nederland in 2019 ingezet zijn voor de fok en hun (beoogde) nakomelingen, hierbij nog wat cijfers van de geboren nesten; de inteelt (COI) over alle generaties van het nest en het gemiddelde van de ouders over alle generaties (de inteelt van het nest zou bij voorkeur onder het gemiddelde van de beide ouderdieren moeten liggen), de AVK (voorouderschapsverlies) over 10 generaties en het aantal unieke voorouders op 2046 mogelijke voorouders in 10 generaties.


Hoe verwant is de ene Briard aan de andere Briard? We kennen bijna allemaal de broers en zussen van onze Briards, de ouders, grootouders, misschien ook wel ooms, tantes, neven en nichten. Maar wist je dat alle Briards genetisch gezien nauw verwant zijn?
We kunnen deze verwantschap precies berekenen d.m.v. de kinship-coefficient (k). Je kunt dit vertalen als verwantschapscoëfficiënt, maar omdat we die vertaling meestal gebruiken voor de Coefficient of Relatedness (COR), gebruiken we hier de Engelse termen. De COR kun je berekenen door 2x de kinship te nemen. In onderstaande tabel zie je welke cijfers horen bij normale niet-ingeteelde familieverbanden.

Omdat onze honden ingeteeld zijn, om zodoende honden te krijgen die voldoen aan de eigenschappen (werk, karakter en uiterlijk) die men wenst en deze ook doorgeven aan nakomelingen, is het goed om te kijken naar hoe verwant onze Briards onderling zijn. Om zoveel mogelijk de genen diversiteit die nog aanwezig is te behouden, moeten we de honden die relatief onverwant zijn aan de andere honden in de populatie inzetten voor de fok. Ook moeten we oppassen met het combineren van nauw verwante honden, zover dat nog mogelijk is. We berekenen de kinship door de COI (Coefficient of Inbreeding, de inteeltcoëfficiënt) van een fictieve nakomeling van twee dieren te berekenen.
In onderstaande tabel hebben we de 11 reuen en 11 teven genomen die dit jaar voor de fok in Nederland zijn ingezet en hun onderlinge verwantschap berekend.
Als je b.v. in de linker rij hond 19.o9 opzoekt en in de bovenste kolom hond 19.o15, zie je in de tabel dat de bijbehorende kinship 25,13% is, dus een COR van 50,26%, een getal welke hoort bij een volle broer-zus verparing, of vader met dochter, of moeder met zoon. Deze verwantschap zie je niet terug als je alleen maar naar een 5-generatie-stamboom kijkt, dan zie je alleen terugkerende namen bij over-over-grootouders en over-over-over-grootouders.
In de tabel zie je ook de MK staan, dit staat voor de Mean Kinship, de gemiddelde verwantschap van de honden. Hond 19.o3 is b.v. gemiddeld voor 19,15% verwant aan de andere honden, en hond 19.o10 23,71%. Het percentage van 22,77 in het geel is de gemiddelde verwantschap van al deze 22 honden.
De MK in grafiek:

 

En hoe verwant zijn nu alle pups die dit jaar geboren zijn/worden aan elkaar? Ook dat kunnen we gemakkelijk berekenen en in beeld brengen:
De gemiddelde kinship van deze pups is dus 22,82%.

 

NOOT: De cijfers zijn gebaseerd op stamboomgegevens zover die aanwezig zijn, tot de founders, de werkelijke cijfers liggen hoogstwaarschijnlijk nog hoger.

 

Door dr. Carol Beuchat.
Met toestemming overgenomen en vertaald van de website van het Institute of Canine Biology
Laten we zeggen dat je begint met een populatie van 100 gezonde honden. Alle genen zijn er voor een reden. Sommige doen dingen die heel belangrijk zijn zoals het maken van spierweefsel. Sommige doen kleine dingen zoals de hond een iets hogere vruchtbaarheid geven. Maar al deze genen hebben een functie.
Vervolgens maken we van deze populatie een gesloten genenpoel en beginnen we met fokken. Elke generatie kiezen we de “beste” honden en steriliseren de rest. Een gedeelte van de genetische variatie waarmee je begon, gaat verloren met de honden die uit de genenpoel verwijderd zijn. Daarbij gaan elke generatie enkele genen eenvoudigweg verloren door willekeurige kans, omdat ze niet werden doorgegeven aan een pup. Je verliest elke generatie enkele genen. Wat deden deze genen? Wat het ook was, het gebeurt niet als het gen verdwenen is. Elk verloren gen maakt iets kapot.
Nu, 50 generaties verder, ben je een groot deel van de originele genetische variatie kwijt. Er zullen veel dingen zijn die niet functioneren zoals ze zouden moeten. Dus daar staan we dan. Het is niet dat we een mutatie hebben waar we vanaf moeten zien te komen, het is dat we het NORMALE gen dat zijn werk zou moeten doen, kwijt zijn geraakt. Je kunt niet met iets gecompliceerds beginnen, een hoop willekeurige onderdelen weggooien en hopen dat het nog steeds werkt zoals het zou moeten. We begonnen met gezonde honden, we gooien genen weg en nu hebben we ongezonde honden. Het had niet anders kunnen gaan.
We gaan dit probleem NOOIT oplossen door meer genen weg te gooien in de hoop mutaties kwijt te raken. Het probleem is niet dat we een mutatie hebben, het probleem is dat we geen kopie meer hebben van het normale gen. We kunnen niet “weg fokken” van de problemen als het normale gen wat we nodig hebben er niet is. Dit is waarom we NOOIT het genetische-aandoeningen-probleem bij honden kunnen repareren op de manier waarop we het nu proberen. We moeten genen terug stoppen in de genenpool die verloren zijn gegaan zodat dingen weer kunnen werken zoals ze zouden moeten.
Hoe krijgen wilde dieren populaties het voor elkaar om gezond te blijven voor duizenden generaties (zonder DNA testen!!!)? Ze verliezen geen belangrijke genen uit de genenpoel. Dieren verplaatsen zich soms van de ene groep naar de andere, of van kudde naar kudde, wat de genen die verloren zijn gegaan in een populatie, herstelt. Als een populatie geïsoleerd raakt en er geen nieuwe individuen meer bij kunnen komen, is de genenpoel effectief gesloten en zal de populatie uitsterven. Altijd.
Fokkers van andere gedomesticeerde dieren begrijpen dit. Honden zijn niet anders. Wat is het dat we dit bij honden niet kunnen managen om dit goed te doen?


Om genetische diversiteit in een populatie te bewaren kan het gebruik van verwantschapscoëfficiënten (K, kinship) en de gemiddelde verwantschap binnen een populatie (MK, mean kinship) een effectieve en duurzame werkwijze zijn.

Voor de, ons op dit moment bekende, voor de fok beschikbare Nederlandse Briards hebben we hun onderlinge verwantschapscoëfficiënten berekend en daaruit de MK. Dit getabelleerd: mk2018-sheet en op volgorde van de hoogte van de MK in een grafiek gezet:

De gemiddelde MK van deze populatie Briards is 22%. De honden die minder verwant zijn dan het gemiddelde, zijn -gelet op genetische diversiteit- het meest waardevol om in te zetten voor de fok.

Wil je meer lezen over Kinship en Mean Kinship? Lees dan de blogs van Carol Beuchat (deel 1, deel 2, deel 3, deel 4)



Zo aan het einde van 2018, kijken ook wij terug naar het jaar. We kunnen veel zeggen, maar laten het maar bij wat cijfers van het kleine aantal nestjes dat dit jaar is geboren. Nesten staan in willekeurige volgorde. Het beperkte aantal nestjes, welke een trend is die in geheel Europa te merken is én het gebruik van een beperkt aantal ouderdieren -m.n. te veel gebruik van dezelfde reu(en) - is erg zorgwekkend. Kleine populaties zijn instabiel en staan erg onder invloed van genetische drift en werken negatief op de genetische diversiteit.

 

 

 

 

 


Op verzoek, ook de gemiddelde COI voor 15 generaties van alle Briard nestjes die in Nederland geboren zijn, aan de grafiek toegevoegd. Dit is het aantal generaties zoals weergegeven in de database van worldpedigrees. Helaas is het daar niet mogelijk nog meer generaties te laten berekenen omdat dit te veel van het geheugen van de site vraagt. Ben je benieuwd naar een berekening over alle generaties, kun je ons altijd een berichtje sturen natuurlijk.

 

N.a.v. een grafiek voor de Berner Sennenhond, besloot ik een grafiekje te maken aan de hand van in Nederland geboren nesten Briards en het gemiddelde inteeltpercentage van die nesten per jaar, berekend over 5, 10 en alle generaties. Voor de jaren 70 werden er maar weinig nestjes in Nederland geboren (wat de pieken verklaart), maar daarna zie je een duidelijk beeld van de trend; als je alleen naar 5 of 10 generaties kijkt, ontstaat het beeld dat de inteelt binnen het ras afneemt, maar de lijn die een meer waarheidsgetrouwe COI weergeeft, laat een heel ander beeld zien.

Vandaag kwam ik tijdens een cursus weer het artikel van populatiegeneticus Ir. Ed Gubbels tegen dat hij in 2002 schreef: Genetisch beheer van rashondenpopulaties. Hij heeft hierover ook eens een lezing gehouden voor Briardfokkers.

En als ik dan bedenk wat er in die 16 jaar veranderd is, of beter gezegd wat er nog steeds niet veranderd is, wordt ik naast ontzettend boos, vooral verdrietig dat al die liefhebbers van ons mooie ras die allemaal het beste met ons ras voor hebben nog steeds niet in staat zijn, te veranderen.

"Samengevat betekent dit, dat we eerst moeten zorgen dat we onze problemen niet nog groter maken (1. we zullen de inzet van fokdieren moeten afstemmen op de omvang van de populatie), dat we vervolgens de reeds beschikbare instrumenten benutten om aan verbetering te werken (2. pas dan -na 1- kan de vanouds toegepaste methode van individuele selectie op populatieniveau ook enig effect sorteren) en dat we op de kortst mogelijke termijn de fokkers de hedendaagse hulpmiddelen moeten aanreiken om hun fokkerij te sturen en de problemen bij onze rashonden effectief te bestrijden (3. instrumenten om de toename van het niveau van inteelt te sturen en 4. moderne selectiemethoden zoals fokwaardeschattingen en genetische risicoberekeningen). Alleen dan kunnen we met recht over een verantwoord genetisch beheer van onze rashondenpopulatie spreken." (Ir. Ed J. Gubbels, Centennial Conference, Raad van Beheer op Kynologisch Gebied in Nederland, 2 juli 2002, Amsterdam)

 

Wegens technische problemen, nu pas weer een bericht en zo in het nieuwe jaar, beginnen we met de inteelt coëfficiënten over alle generaties voor de nestjes die in 2017 in Nederland zijn geboren, in willekeurige volgorde:

19,4107%
19,7557%
24,3194%
21,0562%
18,6887%
21,9663%
22,1692%
24,2725%
21,2725%
31,8109%
20,9989%
20,9989%

Een gemiddelde COI van 22,23 % dus.

NB Lees voor elk cijfer: "minstens", aangezien de database nog niet gecorrigeerd is in verschil maken tussen werkelijke founders, wezen, e.d.

Dit zijn hele andere cijfers dan als je over slechts 5 generaties zou kijken, zoals dit gewoon is bij veel fokkers en rasverenigingen. Inteeltcijfers over 5 generaties waaraan dan ook nog conclusies worden verbonden in de trend van "theoretisch gezonde pups fokken"....

Noot 11-1 correcties uitgevoerd op oorspronkelijke cijfers: nest toegevoegd en database is in tussentijd aangevuld met enkele ontbrekende gegevens.


Er kwam een vraag binnen, of er verschil is tussen recente inteelt en oude inteelt. 

Het antwoord: Recente inteelt en oude inteelt hebben inderdaad verschillende effecten. Recente inteelt heeft de neiging om in blokken van genen te verschijnen en dat die genen in blokken worden doorgegeven aan de nakomelingen. Hoe verder de inteelt toeneemt, hoe groter deze blokken worden. Dit heet "linkage disequilibrium", wat betekent dat twee merkers zich niet onafhankelijk van elkaar overerven. Grote blokken van genen maken het moeilijker voor een fokker om te selecteren voor bepaalde (gewenste) genen en tegen andere (ongewenste) genen, het wordt dus moeilijker eigenschappen te verbeteren.

Zoals je waarschijnlijk weet vindt er tijdens de meiose (wanneer eitjes en sperma worden gevormd) een uitwisseling plaats van DNA via "crossing-over". Dit splitst de blokken genen, dus oudere inteelt zit minder waarschijnlijk vast in een blok van genen die gezamenlijk zijn geërfd.

Hieronder staan drie panels van inteelt op de chromosomen, van één (links) tot 38 (rechts; je ziet de getallen boven elk panel staan). Er is één strip  voor elke 20 honden in een panel (zelfde honden in elk panel). Recente inteelt (ongeveer 6 generaties) staat in de bovenste panel. Oudere inteelt (50 generaties) in het midden en oude inteelt (>100 generaties onderaan).

 

error: Content is protected !!