Spring naar inhoud

Inteelt van rashonden vastgesteld aan de hand van DNA

12/25/2016

Door Dr. Carol Beuchat
Met toestemming vertaald en overgenomen van de website van het Institute of Canine Biology

Een nieuw gepubliceerde studie (Dreger et al 2016) rapporteert heterozygotie (inteelt) op verschillende manieren vastgesteld, voor 112 hondenrassen. Ze berekenden inteelt uit stamboomdata voor 5, 10 en alle generaties in de database. Ze bepaalden ook de genomische inteelt, waarbij ze gebruikt maakten van DNA analyse van zowel SNPs (single nucleotide polymorphisms) als de gehele genomische analyse.

Ik heb hieronder de data voor inteelt vastgesteld aan de hand van DNA-analyse hieronder in een grafiek gezet (uit hun tabel S2). Het wordt zowel alfabetisch op ras (links) als grootte van de inteelt coëfficiënt (rechts) weergegeven. De lijnen laten drie niveau's van inteelt zien: groen is 6.25% (het resultaat van een paring tussen neef en nicht), geel is 12,5% (het resultaat van een paring tussen halfbroer/-zus) en rood is 25% (het resultaat van een volle broer/zus paring). Om dat in perspectief te kunnen zien; gevolgen van inteelt depressie in zoogdieren (zoals b.v. Verminderde vruchtbaarheid, kleinere nesten, hogere puppy sterfte, kortere levensverwachting, etc.) worden duidelijk bij een inteelt percentage van ongeveer 5%. En de nadelen van inteelt (inclusief toegenomen expressie van recessieve mutaties) overstijgen de voordelen meestal bij een percentage van ongeveer boven de 10%. Alleen de Sloughi is minder dan 6% en de chihuahua, Jack Russell Terrier, Tibetaanse Mastiff en Spaanse Waterhond zijn minder dan 12%. Er zijn misschien 20 rassen met inteelt onder de 25% en de rest is 25% of meer.

Hoe goed reflecteert de door middel van stamboomdata bepaalde inteelt de daadwerkelijke heterozygotie d.m.v. Dna-bepaling?
Inschattingen aan de hand van stambomen onderschat over het algemeen de genomische inteelt, soms heel veel (alleen bij de Novia Scotia Duck Tolling Retriever was de stamboom raming hoger).

Het hoogste niveau van inteelt (>80%) vind je bij de Noorse Lundehund. Dit ras lijdt zowel aan extreem lage vruchtbaarheid en hoge puppy-sterfte, alswel aan een vaak fatale gastro-intestinale aandoening. Als een laatste poging om het van uitsterven te behoeden, is er nu de focus op een cross-breeding programma gesteund door de Noorse Lundehun Club en begeleid door een internationale groep wetenschappers die nu de succesvolle F2 nakomelingen rapporteren. (note redactie Briardinfo.nl: in Nederland noemen hondenfokkers dit inkruisen van andere rassen meestal i.p.v. Cross-breeding, outcross, een term die voorheen alleen werd gebruikt voor minder-verwant fokken binnen het zelfde ras. In Nederland zijn er momenteel mooie initiatieven op dit gebied bij diverse Nederlandse rassen en enkele niet-FCI-erkende rassen).

Hieronder staan een paar van de grafieken uit het onderzoek, van stamboom data betreffende inteelt vanaf dat er data beschikbaar is tot de meest recent beschikbare data. De vericale stippellijn geeft het moment aan waarop het ras door de AKC werd erkend (dat hoeft niet persé gelijk te zijn aan de data waar omtrent het ras werd gesticht.) Voor elke geven ze de inteelt weer over 5 generaties (groen), 10 generaties (rood) en alle stamboomdata (blauw). Zoals verwacht, onderschat de berekeningen van inteelt over 5 en 10 generaties, de inteelt die bepaald is over alle beschikbare generaties. In de meeste gevallen is de grootte van de fout substantieel (let op: de y-as zijn in elke grafiek anders geschaald. Excuses voor de slechte kwaliteit van de afbeeldingen, dat was alles wat beschikbaar was in de voor-publicatie van het onderzoek.)

Voor de 6 afbeeldingen hieronder:
Inteelt berekend aan de hand van stamboom data voor 5, 10 en alle genraties voor (van boven naar beneden): Papillon, Berner Sennenhond, Golden Retriever, Basenji, Norwich Terrier en Nova Scotia Duck Tolling Retriever. In deze ordening is het ras met momenteel laagste niveau van inteelt eerste en de rest volgt op toegenomen omvang (dus het hoogste niveau van inteelt berekend met stamboom data, is momenteel voor de NS Duck Tolling Retriever).


 

Deze data bevestigt dat inteelt van de meeste raszuivere rassen extreem hoog is, met op een handvol na, allen waardes die het niveau van een paring tussen een broer en zus van niet verwante ouders, overschrijdt.

Dreger DL, M Rimbault, BW Davis, A Bhatnagar, HG Parker, & EA Ostrander. 2016. Whole genome sequence, SNP chips and pedigree structure: building demographic profiles in domestic dog breeds to optimize genetic trait mapping. http://dmm.biologists.org/lookup/doi/10.1242/dmm.027037

error: Content is protected !!